9月29日，距离公布重组案不到两周，科大智能收到来自深交所创业板公司管理部发来的问询函。在严打“忽悠式”、“类借壳”、“双高类”重组的监管背景下，这份问询函可谓刨根问底：从重组是否为了配合高管减持计划、是否存在代持、专利质押的风险、盈利能力、业绩承诺和盈利补偿的可实现性等多个角度对公司重组事项进行问询。
9月20日，科大智能公布资产收购预案，拟以“定增+现金”的方式收购英内物联100%股权，对标的预估值约为9亿元；公司还拟“定增+现金”收购乾承机械剩余43%股权，以实现全资控股，该部分股权预估值1.376亿元，购买资产的股票发行价为20.30元/股。同时，科大智能拟向京东锦泉和宏兆投资定增配套募资6亿元，两者将成为公司战略投资者，其中京东锦泉拟用4亿元认购定增，值得一提的是，京东锦泉的背后老板为刘强东。
截至评估基准日2017年6月30日，英内物联 100%股权的预估值为 9亿元，增值率为 190.90%；乾承机械 100%股权的预估值为 3.2亿元，增值率为 671.07%。
不过，值得注意的是6月30日，科大智能曾发布公告，公司董事、总裁杨锐俊和公司董事、副总裁姚瑶拟减持所持部分股份。科大智能在9月20日的公告中，称上述两位高管减持尚未实施，于6月30日提出减持股份计划时，公司尚未筹划发行股份及支付现金购买资产并募集配套资金科大智能科技股份有限公司事项。
对此，问询函要求科大智能补充披露上市公司的控股股东及其一致行动人对本次重组的原则性意见，及控股股东及其一致行动人、董监高自本次重组复牌之日起至实施完毕期间的股份减持计划等问题。
此外，就在今年初，中路实业和煜科投资突然入股英内物联。预案显示，2017年1月，龚虎才将其持有的英内物联720万股以5元/股的价格转让给中路实业，杨成社将其持有英内物联351万股以5元/股的价格转让给煜科投资。
对此，深交所要求科大智能补充列示上述股权转让对应标的估值，并说明其与本次重组标的估值存在较大差异的原因，上述交易各方是否存在代持行为，是否存在可能的股权纠纷等。
据了解，英内物联2016年7月25日登陆新三板，高科技企业专利技术是核心竞争力，而英内物联将部分发明专利质押为其银行借款提供担保。因此，深交所要求科大智能补充披露借款合同的主要条款，包括借款金额、借款期限等，同时补充披露主要专利被质押对标的公司资产完整性和生产经营活动产生的影响。
对于英内物联的主要产品和业务，深交所也提出疑问，要求科大智能补充披露最近两年一期标的公司主要产品及业务的收入占比和毛利率的变动情况，英内物联报告期内前五大客户的名称、经营范围、销售占比及应收账款回款情况，汇率对出口型企业英内物联的影响等，以及英内物联核心管理团队、技术人员的具体情况和特点，和重组实施完成后对于稳定核心管理团队、技术人员稳定的具体措施。
此外，根据收购方案显示，英内物联承诺公司2017年至2020年实现的扣除非经常性损益后归属于母公司所有者的净利润分别不低于4500万元、6500万元、8125万元、9750万元。然而，英内物联2017年上半年实现归属于母公司所有者的净利润（扣非后）为1641.94万元，全年若要完成承诺业绩有压力。乾承机械差距也不小，2017年上半年扣非后净利润为816.88万元，而乾承机械承诺2017年度实现净利润数不低于2400万元，乾承机械2018年至2020年度净利润数分别不低于3000万元、3750万元、4688万元。
深交所对标的公司业绩承诺的可实现性发出问询，此外，由于仅部分交易对方承诺在盈利补偿期间对英内物联净利润实现差额进行补偿，有可能出现业绩补偿方所取得的股份数量低于应补偿股份数量的情况。深交所要求补充披露参与英内物联业绩承诺与补偿的三名交易对手方履行承诺的能力及约束措施。
