2004年，李彦宏决定让百度上市。马东敏与他一起拜访华尔街专家，进行详细的分析论证，2005年8月5日，百度登陆纳斯达克，一度诞生了9位亿万富翁、30位千万富翁和400位百万富翁。
马东敏对于百度的巨大影响还体现在股价上。2012年11月12日，新浪网友 互联网007 在微博爆料： 中国首富百度 CEO李彦宏与16年原配马东敏离婚！ 随后的两天，百度在纳斯达克的股价连续暴跌，总跌幅超过10%，跌破100美金。
重构百度投资业务
2017年，百度的业务正在发生变化，成为一家以搜索为主、以信息流和人工智能为重的公司，同时，百度投资体系正在重构。
在百度新建立的投资基金结构中，对内有百度战投，负责战略投资，对外有风投、资本基金，分别对应早期和中后期的财务投资，与此同时，在各个产业链条里，还有多个产业基金布局其中。
各种调整后，百度投资并购部也变成了百度战略投资部门（下称 百度战投 ）。这块掌握了百度核心资源的业务就由马东敏亲自掌管。
在过往的这些年里，百度投资部并不缺少人才，比如汤和松、何海文，都算得上是投资圈的翘楚，不过他们在百度工作的时间并不长，一种说法是：百度投资部沿袭了百度公司的流程和决策制度，往往决策流程非常漫长，一些好项目在漫长的等待中渐渐凉了。
据接近马东敏的百度人士描述，后者是一个理性、果断的人，这种气质正在改变百度投资业务。
据猎云网统计，2017年，百度、腾讯、阿里巴巴的投资数量分别是38、113和45。百度战投投出20家公司，其中最大一笔是70亿元战略入股中国联通，人工智能、出行、企服占据了百度投资大部分的比重，除了两个亿元左右的A轮外，大多数是B轮后的公司。
2017年，百度战投的大多数项目都由马东敏亲自推动。更理性、更强势也更深入一线的马东敏，正试图塑造百度战投更加开放大胆的对外风格。
在新能源智能汽车投资领域，百度资本投资了蔚来汽车，百度战投投资了威马汽车，后者由马东敏主导投资，背后的逻辑是：蔚来在无人驾驶上有自主研发的规划和体系，如果百度想将自己的无人驾驶平台放进去，蔚来可能不会全盘接受；而威马的研发团队不用从零开始开发平台，百度的产品可以直接在威马上运营。
可以说，这避免了与业务部门竞争而放弃投资。这些逻辑的背后是马东敏的极为理性的性格在推动，她对未来多大市场、百度投资和双方合作的价值，算得很明白。
但马东敏掌舵的百度战投依然面临一些持续性的挑战，比如人才问题和文化氛围。
据《财经》报道，2017年上半年，百度战投出现大量离职，后来新加入了一些投资经理级别的员工，但总体上数量不多。随着马东敏持续深度参与一线，百度战投中层缺位、基层流失的情况尚未得到改观。
在企业文化上，2013年，李彦宏曾在发给员工的内部信中向百度全员喊话，要在百度内部 鼓励狼性、淘汰小资 ；2017年8月，在百度的Summer Party上，李彦宏再次谈公司文化，他表示， 风清气正才能有战斗力 ， 战略看得再对，如果没有好的执行，你仍是会输掉的 。
李彦宏在企业文化上的努力似乎效果有限。马东敏回归后，曾长谈百度面临的问题 为什么她离开百度这几年，百度会形成这样脆弱的口碑？她非常生气直指问题核心：整个百度，从下到上，人浮于事！一旦有好机会，他们立马想的不是执行公司的战略，而是想着跳槽，他们更感兴趣的是和媒体、投资人打交道，而不是关心业务。
问题在于，人才培养和企业文化的挑战很难在短期内彻底改变。
在移动互联网时代，百度投资 保守 的风格和缓慢的决策机制导致其错失大量关键机会。在人工智能的时代，百度能通过投资帮助自己抓住这个时代的机会吗？这取决于百度投资体系的掌舵者马东敏。
